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農業生產用水量大，并且是非重復用水。農業污水包括農作物栽培、牲畜飼養、食品加工等過程排出的污水和液態廢物等。在農業生產方而，噴灑農藥及施用化肥，一般只有少量附著或施用于農作物上，其余絕大部分殘留在土壤和飄浮在大氣中，通過降雨、沉降和徑流的沖刷而進入地表水或地下水，造成污染。農藥是農業污染的主要方而。各種類型農藥的施用，它存在于土壤、水體、大氣、農作物和水生生物體中，嚴重時造成污染。近年來，殺蟲劑的適用范圍也在擴大，導致物種的損失，如鳥類的減少，并造成一些受保護水體的污染。濫用化肥也是造成承受水體嚴重污染的一個來源。在各類蔬菜和大田作物的生產中，氮肥的施用不斷增加磷肥在農業生產中普遍使用，在土壤中通過地表徑流方式將磷化合物帶入天然水體，造成水體的富營養化。氮肥的大量使用是水污染的重要來源。盡管我國的化肥使用量與國際標準相比并不特別高，但由于大量使用優質化肥以及氮肥與磷肥、鉀肥不成比例的施用，其使用效率較低。特別值得注意的是大量廉價低質的氨肥的使用。這種地方生產的氨肥極易溶解而被沖入水體中造成污染。
畜牧業的集中化，大型飼養場的增加，各種廢棄物的排放，無疑會使接受液態廢物的天然河溪水體造成污染。牲畜飼養場排出的廢物也是水體中生物需氧量和大腸桿菌污染的主要來源。肉類制品(包括雞豬、牛、羊等)在過去的15年中產量急劇增長，隨之而來的是大量的動物糞便六接排入飼養場附近水體。在杭州灣進行的一項研究發現，其水體中化學耗氧量的88%來自農業，化肥和糞便中所含的大量營養物是對該水域自然生態平衡以及內陸地表水和地下水質量的最大威脅用于灌溉的城市污水、工業廢水及由城市匯集于城市下游農村的地而徑流污水，農業牲畜糞便也是作物、水產及地下水的重要污染源。
總之，農業廢水中含有各種的微生物、懸浮物、化肥、農藥、不溶解固體和鹽分等生物和化學等物質。農業污水是造成水體污染的主要來源之一，它面廣、分散、難于收集，難于治理。綜合起來看，農業污染具有以下兩個顯著特點:一是含有機質、植物營養素及病原微生物高。如中國農村牛圈所排污水生化需氧量可高達4300毫克/升，豬圈1200毫克/升以上，是生活污水的幾十倍;二是含較高的化肥、農藥、施用農藥、化肥的80%-90%均可進入水體，有機氯農藥半衰期約為巧年，所以參加了水循環、形成全球性污染，一般各類水體中均有其存在。
